分子生物学実験及び実験法　2025年度　コンピュータ実習

・以下の質問（１）〜（4）に対して解答して下さい。

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質問

（１）以下の問いに回答せよ。
以下の (A〜D)は、あるタンパク質のアミノ酸配列である。これらはどんな生物の何というタンパク質か？　また、どのような機能を持つタンパク質であると推察されるか？ 簡単にまとめよ。


(説明用配列)
MGCWGRNRGRLLCMLALTFMFMVLEVVVSRVTSSLAMLSDSFHMLSDVLALVV
ALVAERFARRTHATQKNTFGWIRAEVMGALVNAIFLTGLCFAILLEAIERFIEPHEM
QQPLVVLGVGVAGLLVNVLGLCLFHHHSGFSQDSGHGHSHGGHGHGHGLPKGP
RVKSTRPGSSDINVAPGEQGPDQEETNTLVANTSNSNGLKLDPADPENPRSGDT
VEVQVNGNLVREPDHMELEEDRAGQLNMRGVFLHVLGDALGSVIVVVNALVFYF
SWKGCSEGDFCVNPCFPDPCKAFVEIINSTHASVYEAGPCWVLYLDPTLCVVMV
CILLYTTYPLLKESALILLQTVPKQIDIRNLIKELRNVEGVEEVHELHVWQLAGSRII
ATAHIKCEDPTSYMEVAKTIKDVFHNHGIHATTIQPEFASVGSKSSVVPCELACRT
QCALKQCCGTLPQAPSGKDAEKTPAVSISCLELSNNLEKKPRRTKAENIPAVVIEI
KNMPNKQPESSL

(A)
mrecisihvg qagvqignac welyclehgi qpdgqmpsdk tigggddsfn tffsetgagkhvpravfvdl eptvidevrt gtyrqlfhpe qlitgkedaa nnyarghyti gkeiidlvldrirkladqct glqgflvfhs fgggtgsgft sllmerlsvd ygkksklefs iypapqvstavvepynsilt thttlehsdc afmvdneaiy dicrrnldie rptytnlnrl isqivssitaslrfdgalnv dltefqtnlv pyprihfpla tyapvisaek ayheqlsvae itnacfepanqmvkcdprhg kymaccllyr gdvvpkdvna aiatiktkrs iqfvdwcptg fkvginyqpptvvpggdlak vqravcmlsn ttaiaeawar ldhkfdlmya krafvhwyvg egmeegefsearedmaalek dyeevgvdsv egegeeegee y

(B)
mrvaagarge niehlklrle arpptlllft epseplpees kpvempfhhc hrdplpppgltperlharrq
lyaacavcfv fmagevvggy lahslaimtd aahlladvgs mmgslfslwlstrpatrtmt fgwhrsetlg
alasvvslwm vtgillylaf vrllhsdyhi eggamlltasiavcanllma fvlhqagpph shgsrgaeya
pleegpeepl plgntsvraa fvhvlgdllqsfgvlaasil iyfkpqykaa dpistflfsi calgstaptl
rdvlrilmeg tprnvgfepvrdtllsvpgv rathelhlwa ltltyhvasa hlaidstadp eavlaeassr
lysrfgfssctlqveqyqpe maqclrcqep pqa

(C)
MQPDPRPSGAGACCRFLPLQSQCPEGAGDAVMYASTECKAEVTPSQHGNRTF
SYTLEDHTKQAFGIMNELRLSQQLCDVTLQVKYQDAPAAQFMAHKVVLASSSP
VFKAMFTNGLREQGMEVVSIEGIHPKVMERLIEFAYTASISMGEKCVLHVMNG
AVMYQIDSVVRACSDFLVQQLDPSNAIGIANFAEQIGCVELHQRAREYIYMHFG
EVAKQEEFFNLSHCQLVTLISRDDLNVRCESEVFHACINWVKYDCEQRRFYVQ
ALLRAVRCHSLTPNFLQMQLQKCEILQSDSRCKDYLVKIFEELTLHKPTQVMP
CRAPKVGRLIYTAGGYFRQSLSYLEAYNPSDGTWLRLADLQVPRSGLAGCVV
GGLLYAVGGRNNSPDGNTDSSALDCYNPMTNQWSPCAPMSVPRNRIGVGV
IDGHIYAVGGSHGCIHHNSVERYEPERDEWHLVAPMLTRRIGVGVAVLNRLLY
AVGGFDGTNRLNSAECYYPERNEWRMITAMNTIRSGAGVCVLHNCIYAAGGY
DGQDQLNSVERYDVETETWTFVAPMKHRRSALGITVHQGRIYVLGGYDGHT
FLDSVECYDPDTDTWSEVTRMTSGRSGVGVAVTMEPCRKQIDQQNCTC

(D)
MALSSQIWAACLLLLLLLASLTSGSVFPQQTGQLAELQPQDRAGARASWMPMFQR
RRRRDTHFPICIFCCGCCHRSKCGMCCKT


以下の（E, F, G）は、ある遺伝子のDNA配列の一部を示している。この配列は、どの生物のどのような遺伝子の配列か？　またその遺伝子産物（コードされたタンパク質）の機能は何か簡単にまとめよ。

(E)
atggaagacgccaaaaacataaagaaaggcccggcgccattctatcctctagaggatggaaccgctggaga
gcaactgcataaggctatgaagagatacgccctggttcctggaacaattgcttttacagatgcacatatcgagg
tgaacatcacgtacgcggaatacttcgaaatgtccgttcggttggcagaagctatgaaacgatatgggctgaat
acaaatcacagaatcgtcgtatgcagtgaaaactctcttcaattctttatgccggtgttgggcgcgttatttatcg
gagttgcagttgcgcccgcgaacgacatttataatgaacgtgaattgctcaacagtatgaacatttcgcagcct
accgtagtgtttgtttccaaaaaggggttgcaaaaaattttgaacgtgcaaaaaaaattaccaataatccagaa
aattattatcatggattctaaaacggattaccagggatttcagtcgatgtacacgttcgtcacatctcatctacct
cccggttttaatgaatacgattttgtaccagagtcctttgatcgtgacaaaacaattgcactgataatgaattcc

(F)
gcaatggagg agccccagtc agatctcagc accgagctcc ctctgagtca agagacgttt tcatacttat gggaactcct tcctgagaat ccggttctgt cccccacact acccccggca gtggaggtca tggacgatct gctactctca gaagacactg caaactggct agaaagccaa gttgaggctc agggaatgtc cacaacccct gcaccagcca cccctacacc ggtggccccc gcaccagcca cctcctggac cctgtcatct tccgtccctt cccaaaagac ctaccctggc acctatggtt tccgtctggg cttcctacat tctgggacag ccaagtccgt cacctgcacg tactcccctg accttaacaa gctgttttgc cagctggcaa aaacctgccc agtgcagctg tgggtcgcct caccaccccc gcccggcacc cgtgttcgca ccatggccat ctacaagaag tcagagcata tgacggaggt cgtcaagcgc tgcccccacc atgagcgctg ctctgactct agcgatggcc tggcccctcc tcagcacctc atccgggtgg aaggaaacct gcgtgctgag tatctggagg acagcatcac tctccgacac agtgtggtgg tgccctacga gccgcccgag gttgggtctg actgtaccac catccacttc aacttcatgt gtaacagctc ctgcatgggg ggcatgaacc ggcggcccat cctcaccatc atcacactgg aagactccag tggtaatctg

(G)
caccatctacagtactggaaaagtttgtaacccagataatccacaagaatgcttattacttgaaccaggtttga
atgaaataatggcaaacagtttagactacaatgagaggctctgggcttgggaaagctggagatctgaggtcgg
caagcagctgaggccattatatgaagagtatgtggtcttgaaaaatgagatggcaagagcaaatcattatgag
gactatggggattattggagaggagactatgaagtaaatggggtagatggctatgactacagccgcggccagt
tgattgaagatgtggaacatacctttgaagagattaaaccattatatgaacatcttcatgcctatgtgagggcaa
agttgatgaatgcctatccttcctatatcagtccaattggatgcctccctgctcatttgcttggtgatatgtggggt
agattttggacaaatctgtactctttgacagttcc


以下の（H~K）は、あるタンパク質、mRNAのAccession番号である。該当するタンパク質の機能と構造について簡単にまとめよ。アミノ酸配列の並びの特徴、発現する生物種についても合わせて記載すること。


(H) NP_990711

(I) BBK03208.1

(J) AER27631

(K) Q9U6Y8


（２）制限酵素(EcoR I、Pvu II)による切断について、制限酵素切断地図を作成しレポートに記せ（実習書p.19の質問16）。どのような手順でベクター及びインサートを調製し、ライゲーションを行ったのか理解できるように記載すること。


（３）実習で使用したプラスミドやコンピテント細胞および試薬の情報を収集し、簡単に説明せよ。使用したのは、pET-Blue2（Novagen）, pBluescript（stratagene）, GFP（NCBIでのnumberは、M62653）,DH5α（Toyobo）, Tuner(DE3)placI（Novagen）、ligation high（Toyobo）等である。


（4）PCRで増やしたDNAのシーケンスデータから、得られた配列がどんな遺伝子であったかを、BLASTを用いて調べよ。また、用いたプライマーはどのような配
列でその遺伝子のどのあたりに位置していたか（例：〇〇遺伝子のスタートコドンから〇〇bp前、etc）について考察せよ。

・授業では、サンプルデータを用いる。

・各班のデータは、2025年度学生実験シーケンスデータにある。

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GFP Gallery



NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov

BLAST
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Google Scholar
https://scholar.google.com

ApE
https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/

Uniprot
https://www.uniprot.org

AlphaFold Protein Structure Database
https://alphafold.ebi.ac.uk