分子生物学実験及び実験法　2023年度　コンピュータ実習

・以下の質問（１）〜（4）に対して解答して下さい。

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質問

（１）以下の問いに回答せよ。
以下の (A〜D)は、あるタンパク質のアミノ酸配列である。これらはどんな生物の何というタンパク質か？　また、どのような機能を持つタンパク質であると推察されるか？ 簡単にまとめよ。

(A)

MGCWGRNRGRLLCMLALTFMFMVLEVVVSRVTSSLAMLSDSFHMLSDVLALVV
ALVAERFARRTHATQKNTFGWIRAEVMGALVNAIFLTGLCFAILLEAIERFIEPHEM
QQPLVVLGVGVAGLLVNVLGLCLFHHHSGFSQDSGHGHSHGGHGHGHGLPKGP
RVKSTRPGSSDINVAPGEQGPDQEETNTLVANTSNSNGLKLDPADPENPRSGDT
VEVQVNGNLVREPDHMELEEDRAGQLNMRGVFLHVLGDALGSVIVVVNALVFYF
SWKGCSEGDFCVNPCFPDPCKAFVEIINSTHASVYEAGPCWVLYLDPTLCVVMV
CILLYTTYPLLKESALILLQTVPKQIDIRNLIKELRNVEGVEEVHELHVWQLAGSRII
ATAHIKCEDPTSYMEVAKTIKDVFHNHGIHATTIQPEFASVGSKSSVVPCELACRT
QCALKQCCGTLPQAPSGKDAEKTPAVSISCLELSNNLEKKPRRTKAENIPAVVIEI
KNMPNKQPESSL

(B)


MGGLTASDVHPTLGVQLFSAGIAACLADVITFPLDTAKVRLQVQGECPTSSVIRYKG
VLGTITAVVKTEGRMKLYSGLPAGLQRQISSASLRIGLYDTVQEFLTAGKETAPSLGS
KILAGLTTGGVAVFIGQPTEVVKVRLQAQSHLHGIKPRYTGTYNAYRIIATTEGLTGL
WKGTTPNLMRSVIINCTELVTYDLMKEAFVKNNILADDVPCHLVSALIAGFCATAM
SSPVDVVKTRFINSPPGQYKSVPNCAMKVFTNEGPTAFFKGLVPSFLRLGSWNVI
MFVCFEQLKRELSKSRQTMDCAT

(C)

MALSSQIWAACLLLLLLLASLTSGSVFPQQTGQLAELQPQDRAGARASWMPMFQR
RRRRDTHFPICIFCCGCCHRSKCGMCCKT


(D)
MQPDPRPSGAGACCRFLPLQSQCPEGAGDAVMYASTECKAEVTPSQHGNRTF
SYTLEDHTKQAFGIMNELRLSQQLCDVTLQVKYQDAPAAQFMAHKVVLASSSP
VFKAMFTNGLREQGMEVVSIEGIHPKVMERLIEFAYTASISMGEKCVLHVMNG
AVMYQIDSVVRACSDFLVQQLDPSNAIGIANFAEQIGCVELHQRAREYIYMHFG
EVAKQEEFFNLSHCQLVTLISRDDLNVRCESEVFHACINWVKYDCEQRRFYVQ
ALLRAVRCHSLTPNFLQMQLQKCEILQSDSRCKDYLVKIFEELTLHKPTQVMP
CRAPKVGRLIYTAGGYFRQSLSYLEAYNPSDGTWLRLADLQVPRSGLAGCVV
GGLLYAVGGRNNSPDGNTDSSALDCYNPMTNQWSPCAPMSVPRNRIGVGV
IDGHIYAVGGSHGCIHHNSVERYEPERDEWHLVAPMLTRRIGVGVAVLNRLLY
AVGGFDGTNRLNSAECYYPERNEWRMITAMNTIRSGAGVCVLHNCIYAAGGY
DGQDQLNSVERYDVETETWTFVAPMKHRRSALGITVHQGRIYVLGGYDGHT
FLDSVECYDPDTDTWSEVTRMTSGRSGVGVAVTMEPCRKQIDQQNCTC


　
以下の（E, F）は、ある遺伝子のDNA配列の一部を示している。この配列は、どの生物のどのような遺伝子の配列か？　またその遺伝子産物（コードされたタンパク質）の機能は何か簡単にまとめよ。

(E)
caccatctacagtactggaaaagtttgtaacccagataatccacaagaatgcttattacttgaaccaggtttga
atgaaataatggcaaacagtttagactacaatgagaggctctgggcttgggaaagctggagatctgaggtcgg
caagcagctgaggccattatatgaagagtatgtggtcttgaaaaatgagatggcaagagcaaatcattatgag
gactatggggattattggagaggagactatgaagtaaatggggtagatggctatgactacagccgcggccagt
tgattgaagatgtggaacatacctttgaagagattaaaccattatatgaacatcttcatgcctatgtgagggcaa
agttgatgaatgcctatccttcctatatcagtccaattggatgcctccctgctcatttgcttggtgatatgtggggt
agattttggacaaatctgtactctttgacagttcc


(F)

tcaattttgtaatgatccatttttgggtgtttattaccacaaaaacaacaaaagttggatggaaagtgagttcaga
gtttattctagtgcgaataattgcacttttgaatatgtctctcagccttttcttatggaccttgaaggaaaacagggt
aatttcaaaaatcttagggaatttgtgtttaagaatattgatggttattttaaaatatattctaagcacacgcctatt
aatttagtgcgtgatctccctcagggtttttcggctttagaaccattggtagatttgccaataggtattaacatcac
taggtttcaaactttacttgctttacatagaagttatttgactcctggtgattcttcttcaggttggacagctggtgct
gcagcttattatgtgggttatcttcaacctaggacttttctattaaaatataatgaaaatggaaccattacagatg
ctgtagactgtgcacttgaccctctctcagaaacaaagtgtacgttgaaatccttcactgtagaaaaaggaatc
tatcaaacttctaactttagagtccaaccaacagaatctattgttagatttcctaatattac


　
以下の（G~I）は、あるタンパク、mRNAのAccession番号である。どんな生物のタンパク質であるのか、その機能を記載し、配列の特徴を記載せよ。


(G) BBK03208.1

(H) AER27631

(I) AB207821.1



（２）サブクローニングの制限酵素地図を作成する。使用したベクターの制限酵素地図により、どのような手順でベクター及びインサートを調製し、ライゲーシ
ョンを行ったのかを理解する。また、制限酵素(EcoR I、Pvu II)による切断について、制限酵素切断地図（物理地図）を作成しレポートに記せ（実習書p.19の質問16）。


（３）実習で使用したプラスミドやコンピテント細胞および試薬の情報を収集し、簡単に説明せよ。使用したのは、pET-Blue2（Novagen）, pBluescript（stratagene）, GFP（NCBIでのnumberは、M62653）,
DH5α（Toyobo）, Tuner(DE3)placI（Novagen）、ligation high（Toyobo）等である。


（4）PCRで増やしたDNAのシーケンスデータから、得られた配列がどんな遺伝子であったかを、BLASTを用いて調べよ。また、用いたプライマーはどのような配
列でその遺伝子のどのあたりに位置していたか（例：〇〇遺伝子のスタートコドンから〇〇bp後ろ、etc）を考察せよ。

・授業では、サンプルデータを用いる。

・各班のデータは、2023年度学生実験シーケンスデータにある。

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GFP Gallery



NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov

BLAST
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

PubMed
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Google Scholar
https://scholar.google.co.jp/schhp?hl=ja

ApE
https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/